应用数学研究所于2001年11月成立，著名数论专家、西北大学博士生导师张文鹏教授担任名誉所长，李军庄教授、李超教授担任第一任、第二任所长，现任所长为王念良教授。研究所现有人员11人，教授5人，其中三级教授1人，博士2人，在读博士5人。研究所设有基础数学、应用数学、学科教学(数学)3个研究室。

应用数学研究所成立以来十分重视学术交流活动，邀请著名专家学者来我校讲学，鼓励研究所人员外出参加相关学术会议，近年来，承办了2015年陕西省数学年会、第十三届国际数论与Smarandache问题研讨会和陕西省数学教育研究会2017年学术年会等会议。目前已承担省科技厅、教育厅等科研项目50余项，获得各级科技成果奖近10项，公开期刊发表学术论文200余篇，特别是在智能计算、机器学习、数论、图论及算子代数等领域取得了一批标志性成果，发表在国内外重要学术期刊上，近5年被SCI(E) 收录论文近20篇。

应用数学研究所始终以昂扬的斗志、科学的态度、顽强的拼搏精神，立足本校，积极开展科学研究与交流，不断提高研究水平，以成果求发展，以科研促教学，全面提高人才培养质量，为我校创建一流应用型本科院校做出积极贡献。